Josué Alves, boa tarde.

Após o término da licença médica, a empresa poderá encerrar o contrato.

Lembrando que, a licença médica não transforma o contrato de experiência em contrato por prazo indeterminado.

Olha só essa jurisprudência:

"CONTRATO DE EXPERIÊNCIA. ATESTADO MÉDICO. TÉRMINO. Tratando-se de contrato de experiência (art. 443, § 2º, c, da CLT), o afastamento do trabalhador por motivo de saúde projeta o término do contrato para o dia seguinte à suspensão do contrato, sem, entretanto, afetar a natureza originária da contratação (por prazo determinado). Recurso não provido.

(TRT-24 00249490620145240002, Relator: RICARDO GERALDO MONTEIRO ZANDONA, 2ª TURMA, Data de Publicação: 04/04/2016)".